(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210530981.5 (22)申请日 2022.05.16 (71)申请人 厦门大学 地址 361005 福建省厦门市思明区思明南 路422号 (72)发明人 柯才焕　刘峻宇　游伟伟　彭文竹　 於锋　骆轩　 (74)专利代理 机构 厦门南强之 路专利事务所 (普通合伙) 35200 专利代理师 马应森 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6869(2018.01) C12Q 1/6837(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种鲍基因 组育种芯片及其应用 (57)摘要 一种鲍基因组育种芯片及其应用， 涉及水产 动物遗传育种。 基于大规模全基因组重测序结 果， 设计覆盖40,000目标区段的液相探针， 利用 GenoBaits技术可检测87,959个频率分布合理、 缺失率低、 假阳性低的特异性SNP位点。 每个目标 区段的大小为100bp左右， 区段内含1 ‑7个SNP位 点， 挑选多态性最高的SNP位点作为核心位点。 可 高通量检测鲍的DNA样品， 对鲍重要经济性状关 联分析， 加速其在分子标记辅助育种或全基因组 选择育种应用时的进程， 并可对鲍育种群体进行 遗传背景分析， 开展近缘物种的基因型鉴定。 该 育种芯片具有 通量高、 重复性好、 灵活性高、 单个 标记数据成本低、 变异检测率高等特点， 有广阔 育种应用前 景。 权利要求书1页 说明书6页 附图3页 CN 115232881 A 2022.10.25 CN 115232881 A 1.一种用于鲍育种的鲍全基因组育种芯片， 其特征在于其包含40,000个目标区段， 每 个目标区段长度为100bp左右， 区段内含1 ‑7个SNP位点， 共87,959个SNP位点， SNP所在的核 苷酸序列分别为SEQ  No.1–SEQ No.40,000所示序列， 每个SNP位点有两个等位基因； 87,9 59 个SNP位点均匀分布于染色体上的目标区段内， 其中每个区段内多态 性最高的SNP位点作为 核心位点。 2.一套用于检测鲍全基因组育种SNP分子标记 组合的探针， 其特征在于对如权利要求1 所述40,000个目标区段进行定点捕获。 3.一种用于检测用于鲍全基因组育种SNP标记位点组合的基因芯片， 其特征在于， 所述 基因芯片采用液相芯片， 所述基因芯片含有如权利要求2所述探针。 4.如权利要求1所述SNP分子标记组合或权利要求2所述探针在制备鲍全基因组SNP基 因芯片上的应用。 5.如权利要求3所述基因芯片在检测鲍DNA样品中的应用。 6.如权利要求3所述基因芯片在 鲍育种材 料的遗传背景分析中的应用。 7.如权利要求3所述基因芯片在 鲍属近缘物种基因型鉴定中的应用。 8.如权利要求3所述基因芯片在 鲍性状关联分析中的应用。 9.如权利要求3所述基因芯片在 鲍基因组选择中的应用。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 115232881 A 2一种鲍基因组育种芯片及其应用 技术领域 [0001]本发明属于水产动 物遗传育种领域， 涉及基因组学、 生物信息学、 分子生物学和基 因组育种等 技术领域， 具体是 涉及一种鲍基因 组育种芯片及其应用。 背景技术 [0002]DNA分子标记是利用D NA水平上的遗传多态性标识生物个体间遗传 变异的技术， 在 动植物遗传改良等领域发挥着重要作用。 该技术可对目标基因进 行精确定位和遗传基础研 究， 可对不同群体的遗传 背景进行有效选择， 可对不同品种进 行准确分析和鉴定， 可通过分 子标记辅助选择或基因组选择加快育种进程， 在现代分子育种技术中扮演重要角色。 传统 的分子标记如限制性内切酶片段长度多态性(Restriction  Fragment  Length  Polymorphism,RFLP)和简单重复序列(Simple  Sequence  Repeat,SSR)存在通量低、 数量 少、 操作过程繁琐等缺点， 不能满足现如今大规模商业化育种的需求。 单核苷酸多态性 (Single Nucleotide  Polymorphism,SNP)是指基因组上单个核苷酸的变异， 是由单个核苷 酸对置换、 颠换、 插入或缺失所形成的变异形式， 具有分布性广， 稳定性高、 易于实现自动化 等特点， 是目前广泛应用的新一代分子标记， 也是用于开发高通量分子标记的理想基因分 型目标。 [0003]SNP分型芯片技术和随机测序式基因型检测(Genotyping  By Sequencing,GBS)使 用最广泛的高通量基因分型技术平台， 在水稻、 玉米等作物， 猪、 鸡等家畜家禽以及水产动 物中广泛应用， 尤其在复杂性状的遗传解析、 分子育种等方面 发挥重要作用。 其中， SNP芯片 按寻址方式和最 终检测载体分为固相芯片和液相芯片 。 固相芯片又叫SNP微阵列， 该技术通 过固定在芯片上 的DNA标记序列与目标核酸分子发生碱基配对反应， 从而精准鉴定基因信 息的技术。 研究人员已开发三种大西洋鲑SNP固相芯片(16.5K,6K,132K)， 并在群体基因组 学、 经济性状的遗传定位、 基因组选择育种等方面进行研究， 结果表明使用大量SNP位点的 基因组选择育种效果显著优于传统的BLUP(Best  Linear Unbiased Prediction)育种； 在 大黄鱼和牙鲆的选 育中， 也已相继构建基于 600K和50K固相芯片的基因 组选育体系。 [0004]随着国内外科研机构和育种公司的广泛应用， 基因型检测技术和检测设备得到了 飞速发展。 从3G时代的高成本固相芯片和GBS方法发展到成本低、 对检测平台要求较低、 基 于靶向测序基因型检测(Genotyping  By Target Sequencing,GBTS)的液相芯片， 基因型检 测技术完成向4G时代的转变。 与GBS方法和固相芯片相比， GBTS技术具有平 台广适性、 标记 灵活性、 检测高效性、 信息可加性、 支撑便捷性和应用广谱性等优点， 并且可以在单个扩增 子内检测多个SNP， 极大提高目标位点内变异的检测效率。 目前， 已在20余种主要农作物、 蔬 菜以及部分动物中开发GBTS标记50余套， 并得到广泛应用。 研究人员最早在 玉米中开发20K 和40K液相芯片， 应用结果显示两种液相芯片的基因型可重复性均在98％以上， 现已大规模 应用于玉米的种质资源鉴定、 遗传多样性分析及基因组选择等研究领域； 在南美白对虾中， 开发45K液相芯片， 并在提高生长 速度， 抵抗白斑综合症等方面取 得了显著进展。 [0005]鲍,隶属于软体动物门(Mollusca)、 腹足纲(Gastropoda)、 原始腹足目说　明　书 1/6 页 3 CN 115232881 A 3