(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210492034.1 (22)申请日 2022.05.07 (71)申请人 分子标记 （武汉） 生物育种有限公司 地址 430000 湖北省武汉市东湖新 技术开 发区光谷大道58号1栋H0194(自贸区 武汉片区)(一址多照) (72)发明人 张毅　张倩　张娟　 (74)专利代理 机构 武汉仁合利泰专利代理事务 所(特殊普通 合伙) 42275 专利代理师 黄昀 (51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12Q 1/6869(2018.01) (54)发明名称 一种西瓜全基因 组SNP-Panel (57)摘要 本发明属于西瓜 分子育种技术领域， 具体公 开了一种西瓜全基因组SNP ‑Panel， 包含722个均 匀覆盖西瓜全基因组的SNP标记及其位点信息， 且涉及的每个SNP位点包含两个不同碱基变异位 点用于检测该位点的等位基因变化。 722 个SNP位 点最高可达到同时进行10000个样品的检测。 针 对每一个SNP标记有一对相对应的特殊的引物， 且引物通过多重PCR和高通量测序技术进行高通 量检测获得DNA序列数据， 并自动化完成指定的 数据分析得出相应的基因型数据。 该SNP标记可 用于西瓜遗传背景鉴定、 种质资源鉴定、 改良或 分子标记辅助育种等应用。 利用该技术可实现分 子育种领域的基因检测及分析需求， 检测覆盖度 广， 分析速度快， 检测成本低， 大幅度提高我国西 瓜育种效率， 缩短育种周期， 促进农业发展。 权利要求书1页 说明书21页 附图1页 CN 114717355 A 2022.07.08 CN 114717355 A 1.一种西瓜全基因组SNP ‑Panel， 其特征在于， 包含722个均匀覆盖西瓜全基因组的SNP 标记及其位点信息， 且涉及的每个SNP标记 位点包含两个不同碱基变异 位点， 用于检测位点 的等位基因变化。 2.如权利要求1所述的西瓜全基因组SNP ‑Panel， 其特征在于， 722个所述SNP标记的序 列为ID号Cla970 01至Cla97722的primer。 3.如权利要求1所述的西瓜全基因组SNP ‑Panel， 其特征在于， 722个所述SNP标记在染 色体上的分布如下： Chr01染色体71个SNPs； Chr02染色体75个SNPs； Chr03染色体65个SNPs； Chr04染色体49个SNPs； Chr05染色体76个SNPs； Chr06染色体64个SNPs； Chr07染色体65个 SNPs； Chr08染色体57个SNPs； Chr09 染色体76个SNPs； Chr10染色体65个SNP s； Chr11染色体 59个SNPs； 平均每条染色体6 5.66个SNPs； 标记密度5 04.43Kb。 4.如权利要求1所述的西瓜全基因组SNP ‑Panel， 其特征在于， 722个所述SNP标记包括 目标性状 基因和一套 背景选择 标记。 5.如权利 要求1所述的西瓜全基因组SNP ‑Panel， 其特征在于， 每个所述SNP标记设有一 对相对应的特异扩增引物， 每一个SNP标记仅对应1个正向引物和一个反向引物， 且所有722 个SNP的所有引物间无重复。 6.如权利要求1所述的西瓜全基因组SNP ‑Panel， 其特征在于， 所述SNP ‑Panel用于同时 检测1000个西瓜DNA样品。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114717355 A 2一种西瓜 全基因组SNP ‑Panel 技术领域 本发明属于西瓜分子 育种技术领域， 特别是关于一种西瓜全基因 组 SNP‑Panel。 背景技术 用传统育种方法培育一个品种， 通常时间长、 工作量大、 效率低。 近年来， 基因组测 序技术的飞速发展极大地提高了分子标记开 发效率， 大量与基因紧密连锁标记或功能分子 标记被开发， 进而推动了分子标记辅助选择技术在育种中的广泛应用， 从而极大地提升了 育种效率和质量。 分子标记辅助育种是利用分子标记与决定目标性状基因紧密连锁的特 点， 通过检测分子标记， 即可检测到目的基因的存在， 达到选择目标性状的目的， 具有准确、 所需时间短、 效率高、 不受环 境条件干扰的优点。 分子 设计育种技术将实现对农艺性状的精 确改良， 显示出比其 他育种手段 更为突出的优 越性， 是今后作物育种技 术发展的方向。 西瓜全基因组SNP ‑Panel是高效育种技术体系， 能够实现西瓜分子设计育种的流 程化、 信息化， 大幅度提高我国西瓜育种效率， 缩短育种周期， 促进农业 发展； 通过西瓜SNP ‑ Panel的技术开发积累， 相关技术还 可以应用于其他粮食作物、 蔬菜、 水果、 花卉、 家畜、 鱼类 等的分子 设计育种； 满足不同物种的分子育种需求， 加快优质品种的开 发时间， 满足人民对 生活物质“量”和“质”的需求。 目前分子标记辅助育种的技术有SSR/InDel、 KASP和基因芯片，  SSR/InDel和KASP 可用的标记少， 单价高， 不适合全基因组范围的分子标记辅助育种； 在国际上， 以先正达公 司为首的种业巨头早已实现玉米、 大豆、 西瓜等多种作物的分子育种， 并育成一系列优质抗 病农作物新品种。 然而， 我国的优质抗病高端农作物种子大部 分依赖进口， 国内种业 公司的 研发能力和育种技 术也远远落后于国外， 鉴于当前的国际形势， 不利于国内育种的安全。 发明内容 本发明的目的在于提供一种西瓜全基因组SNP ‑Panel， 其能够满足个性化需求 的 全基因组水平的分子标记育种技 术。 本发明提供了一种西瓜全基因组SNP ‑Panel， 其特征在于， 包含722个均匀覆盖西 瓜全基因组的SNP标记及其位点信息， 且 涉及的每个SNP标记 位点包含两个不同碱基变异位 点， 用于检测位 点的等位基因变化。 优选地， 72 2个所述SNP标记的序列为 ID号Cla970 01至Cla97722的 primer。 优选地， 722个所述SNP标记在染色体上的分布如下： Chr01染色体71  个SNPs； Chr02染色体75个SNP s； Chr03染色体65个SNPs； Chr04染色体  49个SNPs； Chr05染色体76个 SNPs； Chr06染色体64个SNPs； Chr07染色体65个SNPs； Chr08染色体57个SNP s； Chr09染色体 76个SNPs； Chr10  染色体65个SNPs； Chr11染色体59个SNPs； 平均每条染色体65.66个SNPs； 标记密度5 04.43Kb。 优选地， 72 2个所述SNP标记包括目标性状 基因和一套 背景选择 标记。 优选地， 每个所述S NP标记设有一对相对应的特异扩增引物， 每一个S NP 标记仅对说　明　书 1/21 页 3 CN 114717355 A 3