(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210487782.0 (22)申请日 2022.05.06 (71)申请人 中国科学院南海 海洋研究所 地址 511458 广东省广州市南沙区海 滨路 1119号 (72)发明人 陈廷 夏军红 胡超群 任春华  孙彩云 艾春晖 刁德华 李文笙  (74)专利代理 机构 广州科粤专利商标代理有限 公司 44001 专利代理师 刘明星 朱聪聪 (51)Int.Cl. C12Q 1/6888(2018.01) C12Q 1/6858(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种斜带石斑鱼增养殖SSR标记及其检测引 物和应用 (57)摘要 本发明公开了一种斜带石斑鱼增养殖SSR标 记及其检测引物和应用。 SSR标记包括ECDSSR ‑ 01、 ECDSSR ‑02、 ECDSSR ‑03、 ECDSSR ‑04、 ECDSSR ‑ 05、 ECDSSR ‑06、 ECDSSR ‑07和ECDSSR ‑08。 本发明 基于基因组数据开发的SSR标记及引物, 该开发 的SSR标记比现有技术开发的标记多态性更高, 对9个个体进行遗传多样性 分析即获得 12个以上 的等位基因, 远高于现有技术对20个个体4~12 个等位基因的水平, 在对遗传 多样性较低的群体 (如增殖放流群体)进行评估时具有优势。 本发明 开发的SSR分子标记可用于斜带石斑鱼遗传 多样 性分析等领域, 为今后斜带石斑鱼种质资源调 查、 放流效果评估提供理论基础。 权利要求书2页 说明书6页 序列表3页 附图1页 CN 114921563 A 2022.08.19 CN 114921563 A 1.一种斜带石斑鱼的SSR标记, 其特征在于, 包括ECDSSR ‑01、 ECDSSR ‑02、 ECDSSR ‑03、 ECDSSR‑04、 ECDSSR‑05、 ECDSSR‑06、 ECDSSR‑07和ECDSSR‑08: 所述的ECDSSR‑01的核苷酸序列如SEQ  ID NO.1所示; 所述的ECDSSR‑02的核苷酸序列如SEQ  ID NO.2所示; 所述的ECDSSR‑03的核苷酸序列如SEQ  ID NO.3所示; 所述的ECDSSR‑04的核苷酸序列如SEQ  ID NO.4所示; 所述的ECDSSR‑05的核苷酸序列如SEQ  ID NO.5所示; 所述的ECDSSR‑06的核苷酸序列如SEQ  ID NO.6所示; 所述的ECDSSR‑07的核苷酸序列如SEQ  ID NO.7所示; 所述的ECDSSR‑08的核苷酸序列如SEQ  ID NO.8所示。 2.一种高效评估斜带石斑鱼种群遗传多样性的SSR标记检测引物, 其特征在于, 所述的 检测引物包括: 针对ECDSSR‑01位点: ECDSSR‑01‑F: 5’ ‑GTCCTCTGCTTTGGGCTGAA‑3’; ECDSSR‑01‑R: 5’ ‑GAGTCACTGCACACTGACGA ‑3’; 针对ECDSSR‑02位点: ECDSSR‑02‑F: 5’ ‑CCTGTTGGCTGACTTTGAGC‑3’; ECDSSR‑02‑R: 5’ ‑CTGGAAGGCCTGTTCAGTCA‑3’; 针对ECDSSR‑03位点: ECDSSR‑03‑F: 5’ ‑TACTGCAGCAC CACAGACTG ‑3’; ECDSSR‑03‑R: 5’ ‑TGAACAGGCTGGTCTGCTTT‑3’; 针对ECDSSR‑04位点: ECDSSR‑04‑F: 5’ ‑ACGCCATGCATGTC CATGTA‑3’; ECDSSR‑04‑R: 5’ ‑AGAGCCGCTTGTTCAAGAGG‑3’; 针对ECDSSR‑05位点: ECDSSR‑05‑F: 5’ ‑AGGGTCTGCCTCTCCATCAT‑3’; ECDSSR‑05‑R: 5’ ‑AGACAGGGATCACTGCA AGC‑3’; 针对ECDSSR‑06位点: ECDSSR‑06‑F: 5’ ‑GGGACAGGTGAGCAGATCAG ‑3’; ECDSSR‑06‑R: 5’ ‑CCCATGAGGTGTCACTAGTG G‑3’; 针对ECDSSR‑07位点: ECDSSR‑07‑F: 5’ ‑ATCCTTTATGCCAGGGCTGC‑3’; ECDSSR‑07‑R: 5’ ‑GCTCTTTGTCTGCCAACAGC‑3’; 针对ECDSSR‑08位点: ECDSSR‑08‑F: 5’ ‑GCTGTGGCTCCTCAGTCAT T‑3’; ECDSSR‑08‑R: 5’ ‑ATTTCCCACTCAGCGTGTGT ‑3’。 3.根据权利要求2所述的检测引物, 其特征在于, 所述检测引物的正向引物的5'端标记 有荧光基团。 4.根据权利要求3所述的检测引物, 其特 征在于, 所述的荧 光基团为FAM荧 光基团。权 利 要 求 书 1/2 页 2 CN 114921563 A 25.检测权利要求1所述的SSR标记的试剂在制备斜带石斑鱼群体遗传多样性分析及种 群鉴定的产品中的应用。 6.检测权利要求1所述的SSR标记或权利要求2所述的检测引物在制备用于斜带石斑鱼 群体遗传多样性分析及种群鉴定的试剂盒中的应用。 7.一种用于斜带石斑鱼群体遗传多样性分析及种群鉴定的试剂盒, 其特征在于, 试剂 盒包含权利要求2所述的检测引物。 8.一种高效评估斜带石斑鱼群 体遗传多样性的方法, 其特 征在于, 包括以下步骤: (1)收集斜带石斑鱼群 体样本, 提取斜带石斑鱼个 体DNA; (2)以步骤(1)提取的基因 组DNA为模板, 利用所述的检测引物进行PCR扩增; (3)对步骤(2)扩增的PCR产物进行分型; (4)对步骤(3)获得的分型 结果进行遗传多样性分析。 9.根据权利要求8所述的方法, 其特 征在于, 所述的PCR扩增, 其反应 体系25 μL, 包括: 不含Mg2+的10×PCR buffer 2.5 μL、 25mM  MgCl22.0 μL、 10mM  dNTP 0.5 μL、 高保真PCR酶 1U、 10 μM正向引物0.5 μL、 10 μM反向引物0.5 μL、 DNA模板12.5ng, 其余由无菌双蒸水补足至25 μL; 其反应程序为: 95℃预变性5分钟; 95℃变性30秒, 60℃退火30秒, 72℃延伸30秒, 共35 个循环; 72℃再延伸6分钟。 10.权利要求1所述的SSR标记、 权利要求2所述的检测引物、 权利要求7所述的试剂盒或 权利要求8所述的方法在斜带石斑鱼养殖种群遗传多样性分析、 地理群体鉴定或增殖放流 效果评估增养殖 方面的应用。权 利 要 求 书 2/2 页 3 CN 114921563 A 3

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