(19)国家知识产权局
(12)发明 专利申请
(10)申请公布号
(43)申请公布日
(21)申请 号 202210487782.0
(22)申请日 2022.05.06
(71)申请人 中国科学院南海 海洋研究所
地址 511458 广东省广州市南沙区海 滨路
1119号
(72)发明人 陈廷 夏军红 胡超群 任春华
孙彩云 艾春晖 刁德华 李文笙
(74)专利代理 机构 广州科粤专利商标代理有限
公司 44001
专利代理师 刘明星 朱聪聪
(51)Int.Cl.
C12Q 1/6888(2018.01)
C12Q 1/6858(2018.01)
C12N 15/11(2006.01)
(54)发明名称
一种斜带石斑鱼增养殖SSR标记及其检测引
物和应用
(57)摘要
本发明公开了一种斜带石斑鱼增养殖SSR标
记及其检测引物和应用。 SSR标记包括ECDSSR ‑
01、 ECDSSR ‑02、 ECDSSR ‑03、 ECDSSR ‑04、 ECDSSR ‑
05、 ECDSSR ‑06、 ECDSSR ‑07和ECDSSR ‑08。 本发明
基于基因组数据开发的SSR标记及引物, 该开发
的SSR标记比现有技术开发的标记多态性更高,
对9个个体进行遗传多样性 分析即获得 12个以上
的等位基因, 远高于现有技术对20个个体4~12
个等位基因的水平, 在对遗传 多样性较低的群体
(如增殖放流群体)进行评估时具有优势。 本发明
开发的SSR分子标记可用于斜带石斑鱼遗传 多样
性分析等领域, 为今后斜带石斑鱼种质资源调
查、 放流效果评估提供理论基础。
权利要求书2页 说明书6页
序列表3页 附图1页
CN 114921563 A
2022.08.19
CN 114921563 A
1.一种斜带石斑鱼的SSR标记, 其特征在于, 包括ECDSSR ‑01、 ECDSSR ‑02、 ECDSSR ‑03、
ECDSSR‑04、 ECDSSR‑05、 ECDSSR‑06、 ECDSSR‑07和ECDSSR‑08:
所述的ECDSSR‑01的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示;
所述的ECDSSR‑02的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示;
所述的ECDSSR‑03的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示;
所述的ECDSSR‑04的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示;
所述的ECDSSR‑05的核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示;
所述的ECDSSR‑06的核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示;
所述的ECDSSR‑07的核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示;
所述的ECDSSR‑08的核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示。
2.一种高效评估斜带石斑鱼种群遗传多样性的SSR标记检测引物, 其特征在于, 所述的
检测引物包括:
针对ECDSSR‑01位点:
ECDSSR‑01‑F: 5’ ‑GTCCTCTGCTTTGGGCTGAA‑3’;
ECDSSR‑01‑R: 5’ ‑GAGTCACTGCACACTGACGA ‑3’;
针对ECDSSR‑02位点:
ECDSSR‑02‑F: 5’ ‑CCTGTTGGCTGACTTTGAGC‑3’;
ECDSSR‑02‑R: 5’ ‑CTGGAAGGCCTGTTCAGTCA‑3’;
针对ECDSSR‑03位点:
ECDSSR‑03‑F: 5’ ‑TACTGCAGCAC CACAGACTG ‑3’;
ECDSSR‑03‑R: 5’ ‑TGAACAGGCTGGTCTGCTTT‑3’;
针对ECDSSR‑04位点:
ECDSSR‑04‑F: 5’ ‑ACGCCATGCATGTC CATGTA‑3’;
ECDSSR‑04‑R: 5’ ‑AGAGCCGCTTGTTCAAGAGG‑3’;
针对ECDSSR‑05位点:
ECDSSR‑05‑F: 5’ ‑AGGGTCTGCCTCTCCATCAT‑3’;
ECDSSR‑05‑R: 5’ ‑AGACAGGGATCACTGCA AGC‑3’;
针对ECDSSR‑06位点:
ECDSSR‑06‑F: 5’ ‑GGGACAGGTGAGCAGATCAG ‑3’;
ECDSSR‑06‑R: 5’ ‑CCCATGAGGTGTCACTAGTG G‑3’;
针对ECDSSR‑07位点:
ECDSSR‑07‑F: 5’ ‑ATCCTTTATGCCAGGGCTGC‑3’;
ECDSSR‑07‑R: 5’ ‑GCTCTTTGTCTGCCAACAGC‑3’;
针对ECDSSR‑08位点:
ECDSSR‑08‑F: 5’ ‑GCTGTGGCTCCTCAGTCAT T‑3’;
ECDSSR‑08‑R: 5’ ‑ATTTCCCACTCAGCGTGTGT ‑3’。
3.根据权利要求2所述的检测引物, 其特征在于, 所述检测引物的正向引物的5'端标记
有荧光基团。
4.根据权利要求3所述的检测引物, 其特 征在于, 所述的荧 光基团为FAM荧 光基团。权 利 要 求 书 1/2 页
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CN 114921563 A
25.检测权利要求1所述的SSR标记的试剂在制备斜带石斑鱼群体遗传多样性分析及种
群鉴定的产品中的应用。
6.检测权利要求1所述的SSR标记或权利要求2所述的检测引物在制备用于斜带石斑鱼
群体遗传多样性分析及种群鉴定的试剂盒中的应用。
7.一种用于斜带石斑鱼群体遗传多样性分析及种群鉴定的试剂盒, 其特征在于, 试剂
盒包含权利要求2所述的检测引物。
8.一种高效评估斜带石斑鱼群 体遗传多样性的方法, 其特 征在于, 包括以下步骤:
(1)收集斜带石斑鱼群 体样本, 提取斜带石斑鱼个 体DNA;
(2)以步骤(1)提取的基因 组DNA为模板, 利用所述的检测引物进行PCR扩增;
(3)对步骤(2)扩增的PCR产物进行分型;
(4)对步骤(3)获得的分型 结果进行遗传多样性分析。
9.根据权利要求8所述的方法, 其特 征在于, 所述的PCR扩增, 其反应 体系25 μL, 包括:
不含Mg2+的10×PCR buffer 2.5 μL、 25mM MgCl22.0 μL、 10mM dNTP 0.5 μL、 高保真PCR酶
1U、 10 μM正向引物0.5 μL、 10 μM反向引物0.5 μL、 DNA模板12.5ng, 其余由无菌双蒸水补足至25
μL;
其反应程序为: 95℃预变性5分钟; 95℃变性30秒, 60℃退火30秒, 72℃延伸30秒, 共35
个循环; 72℃再延伸6分钟。
10.权利要求1所述的SSR标记、 权利要求2所述的检测引物、 权利要求7所述的试剂盒或
权利要求8所述的方法在斜带石斑鱼养殖种群遗传多样性分析、 地理群体鉴定或增殖放流
效果评估增养殖 方面的应用。权 利 要 求 书 2/2 页
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专利 一种斜带石斑鱼增养殖SSR标记及其检测引物和应用
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